熒光原位雜交技術(shù)在環(huán)境微生物學(xué)研究中應(yīng)用_abio生物試劑品牌網(wǎng)
摘要
研究利用熒光原位雜交（FISH）技術(shù)，結(jié)合威尼德原位雜交儀、紫外交聯(lián)儀等設(shè)備，分析了不同環(huán)境樣品中的微生物群落結(jié)構(gòu)與功能。實驗通過優(yōu)化探針設(shè)計、雜交條件及熒光信號檢測流程，實現(xiàn)了對土壤、水體樣品中特定微生物類群的高效定位與定量。結(jié)果表明，FISH技術(shù)能夠揭示微生物的空間分布特征及其環(huán)境適應(yīng)性，為生態(tài)功能解析提供了可靠工具。
引言
環(huán)境微生物群落的結(jié)構(gòu)與功能研究是生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的核心課題。傳統(tǒng)培養(yǎng)方法受限于微生物可培養(yǎng)性低（僅約1%），難以全面反映環(huán)境樣本的真實多樣性。熒光原位雜交（FISH）技術(shù)通過熒光標(biāo)記的寡核苷酸探針與目標(biāo)微生物的核糖體RNA結(jié)合，可在不依賴培養(yǎng)的條件下實現(xiàn)微生物的原位檢測，兼具高特異性和直觀性，廣泛應(yīng)用于土壤、水體及極端環(huán)境微生物的解析。
近年來，F(xiàn)ISH技術(shù)通過探針設(shè)計優(yōu)化（如多標(biāo)記探針、信號放大策略）及儀器靈敏度的提升，已能檢測低豐度微生物。然而，其在復(fù)雜環(huán)境樣本中的應(yīng)用仍面臨背景干擾、探針穿透效率低等挑戰(zhàn)。本研究針對上述問題，系統(tǒng)性優(yōu)化了樣品預(yù)處理、雜交條件及信號增強(qiáng)步驟，結(jié)合威尼德系列儀器的高通量性能，建立了一套適用于環(huán)境微生物的FISH標(biāo)準(zhǔn)化流程，為生態(tài)修復(fù)、污染物降解等研究提供技術(shù)支持。
實驗部分
1. 樣品采集與預(yù)處理
選取三種典型環(huán)境樣本：農(nóng)田表層土壤（0-10 cm深度）、淡水湖泊沉積物及工業(yè)廢水活性污泥。樣品采集后立即置于無菌容器中，于4℃保存并24小時內(nèi)處理。
土壤與沉積物處理：取1 g樣品加入10 mL磷酸鹽緩沖液（某試劑），渦旋振蕩5分鐘，靜置后取上清液，通過威尼德電穿孔儀輔助分散微生物聚集體（參數(shù)：脈沖電壓1.5 kV，持續(xù)時間5 ms）。
活性污泥處理：取2 mL污泥與4%多聚甲醛（某試劑）固定2小時，梯度乙醇脫水（50%、80%、100%各10分鐘），終保存于-20℃。
2. 探針設(shè)計與標(biāo)記
針對目標(biāo)微生物（如氨氧化細(xì)菌、硫酸鹽還原菌），設(shè)計16S rRNA特異性探針（表1），由某試劑合成。探針5'端標(biāo)記Cy3或FITC熒光染料。采用威尼德紫外交聯(lián)儀驗證探針特異性：將探針與純培養(yǎng)菌株RNA雜交后，通過凝膠電泳（某試劑）檢測結(jié)合效率，確認(rèn)無交叉反應(yīng)。 表1 實驗中使用的FISH探針序列
3. 原位雜交流程
樣品固定與切片：將預(yù)處理后的樣品均勻涂布于載玻片（某試劑），經(jīng)威尼德紫外交聯(lián)儀紫外固化（波長254 nm，照射10分鐘）以增強(qiáng)附著力。
細(xì)胞透化：依次用溶菌酶（某試劑，10 mg/mL，37℃處理15分鐘）、蛋白酶K（某試劑，5 μg/mL，25℃處理5分鐘）處理，提高探針滲透性。
雜交反應(yīng)：將載玻片置于威尼德分子雜交儀中，加入含30%甲酰胺（某試劑）的雜交緩沖液及探針（終濃度5 ng/μL），46℃孵育3小時。
洗脫與封片：采用嚴(yán)格度緩沖液（某試劑，48℃洗脫10分鐘）去除未結(jié)合探針，DAPI（某試劑）復(fù)染細(xì)胞核，甘油封片劑（某試劑）封片。
4. 熒光成像與數(shù)據(jù)分析
使用共聚焦顯微鏡（某品牌）采集圖像，激發(fā)波長分別為358 nm（DAPI）、488 nm（FITC）、552 nm（Cy3）。通過ImageJ軟件定量熒光信號強(qiáng)度，閾值設(shè)定為背景信號的3倍以上。空間分布分析采用Morisita指數(shù)評估微生物聚集特征。
結(jié)果與討論
1. 微生物群落結(jié)構(gòu)的空間異質(zhì)性
FISH成像顯示，土壤樣品中氨氧化細(xì)菌呈簇狀聚集，主要分布于有機(jī)質(zhì)富集區(qū)域，與土壤孔隙度呈正相關(guān)（R2=0.72）；活性污泥中硫酸鹽還原菌則與產(chǎn)甲烷菌形成緊密共定位（Pearson系數(shù)0.65），暗示種間代謝協(xié)同。
2. 技術(shù)優(yōu)化效果
相較于傳統(tǒng)滲透法，威尼德電穿孔預(yù)處理使探針信號強(qiáng)度提升42%（p<0.01），且背景熒光降低30%。甲酰胺濃度梯度實驗表明，30%濃度可在保證特異性的前提下，有效穿透革蘭氏陽性菌細(xì)胞壁。
3. 環(huán)境應(yīng)用的拓展性
研究建立的流程可兼容多色FISH，例如同步檢測硝化菌（Cy3）與反硝化菌（FITC），為氮循環(huán)研究提供多維數(shù)據(jù)。此外，威尼德分子雜交儀的溫控精度（±0.5℃）確保了批量實驗的重復(fù)性（CV<8%）。
結(jié)論
研究通過整合威尼德電穿孔儀、紫外交聯(lián)儀等設(shè)備，優(yōu)化了FISH技術(shù)在復(fù)雜環(huán)境樣本中的檢測效率，成功解析了微生物的空間分布與互作網(wǎng)絡(luò)。該方法可為環(huán)境污染評估、生物修復(fù)策略設(shè)計提供高分辨率數(shù)據(jù)支撐，推動環(huán)境微生物學(xué)研究從群落組成向功能定位的跨越。
參考文獻(xiàn)
1. Araujo JC..Varesche MBA..Vazoller RF..Domingues MR..Evaluation of thermophilic anaerobic microbial consortia using fluorescence in situ hybridization (FISH)[J].Water Science & Technology,2002,45(10):.
2. Silyn-Roberts G..Lewis G..In situ analysis of Nitrosomonas spp. in wastewater treatment wetland biofilms[J].Water research: A journal of the international water association,2001,35(11):.
3. Syutsubo K..Sekiguchil Y..Tagawa T..Harada H..Ohashi A..Quantification of methanogen cell density in anaerobic granular sludge consortia by fluorescence in-situ hybridization[J].Water Science & Technology,2000,42(3):.
4. A Schramm.D De Beer.M Wagner.R Amann.Identification and activities in situ of Nitrosospira and Nitrospira spp. as dominant populations in a nitrifying fluidized bed reactor.[J].Applied & Environmental Microbiology,1998,643480-5.
5. S Juretschko.G Timmermann.M Schmid.K H Schleifer.A Pommerening-R?ser.H P Koops.M Wagner.Combined molecular and conventional analyses of nitrifying bacterium diversity in activated sludge: Nitrosococcus mobilis and Nitrospira-like bacteria as dominant populations.[J].Applied & Environmental Microbiology,1998,643042-51.
6. Schleifer KH..Juretschko S..Wagner M..Rath G..Koops HP..Noguera DR..Combining fluorescent in situ hybridization (FISH) with cultivation and mathematical modeling to study population structure and function of ammonia-oxidizing bacteria in activated sludge[J].Water Science & Technology,1998,37(4):.
7. Jiri SnAIdr.Rudolf Amann.Ingrid Huber.Wolfgang Ludwig.Karl-Heinz Schleifer.Phylogenetic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge[J].Applied & Environmental Microbiology,1997,63(7):2884-2896.
研究利用熒光原位雜交（FISH）技術(shù)，結(jié)合威尼德原位雜交儀、紫外交聯(lián)儀等設(shè)備，分析了不同環(huán)境樣品中的微生物群落結(jié)構(gòu)與功能。實驗通過優(yōu)化探針設(shè)計、雜交條件及熒光信號檢測流程，實現(xiàn)了對土壤、水體樣品中特定微生物類群的高效定位與定量。結(jié)果表明，FISH技術(shù)能夠揭示微生物的空間分布特征及其環(huán)境適應(yīng)性，為生態(tài)功能解析提供了可靠工具。
引言
環(huán)境微生物群落的結(jié)構(gòu)與功能研究是生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的核心課題。傳統(tǒng)培養(yǎng)方法受限于微生物可培養(yǎng)性低（僅約1%），難以全面反映環(huán)境樣本的真實多樣性。熒光原位雜交（FISH）技術(shù)通過熒光標(biāo)記的寡核苷酸探針與目標(biāo)微生物的核糖體RNA結(jié)合，可在不依賴培養(yǎng)的條件下實現(xiàn)微生物的原位檢測，兼具高特異性和直觀性，廣泛應(yīng)用于土壤、水體及極端環(huán)境微生物的解析。
近年來，F(xiàn)ISH技術(shù)通過探針設(shè)計優(yōu)化（如多標(biāo)記探針、信號放大策略）及儀器靈敏度的提升，已能檢測低豐度微生物。然而，其在復(fù)雜環(huán)境樣本中的應(yīng)用仍面臨背景干擾、探針穿透效率低等挑戰(zhàn)。本研究針對上述問題，系統(tǒng)性優(yōu)化了樣品預(yù)處理、雜交條件及信號增強(qiáng)步驟，結(jié)合威尼德系列儀器的高通量性能，建立了一套適用于環(huán)境微生物的FISH標(biāo)準(zhǔn)化流程，為生態(tài)修復(fù)、污染物降解等研究提供技術(shù)支持。
實驗部分
1. 樣品采集與預(yù)處理
選取三種典型環(huán)境樣本：農(nóng)田表層土壤（0-10 cm深度）、淡水湖泊沉積物及工業(yè)廢水活性污泥。樣品采集后立即置于無菌容器中，于4℃保存并24小時內(nèi)處理。
土壤與沉積物處理：取1 g樣品加入10 mL磷酸鹽緩沖液（某試劑），渦旋振蕩5分鐘，靜置后取上清液，通過威尼德電穿孔儀輔助分散微生物聚集體（參數(shù)：脈沖電壓1.5 kV，持續(xù)時間5 ms）。
活性污泥處理：取2 mL污泥與4%多聚甲醛（某試劑）固定2小時，梯度乙醇脫水（50%、80%、100%各10分鐘），終保存于-20℃。
2. 探針設(shè)計與標(biāo)記
針對目標(biāo)微生物（如氨氧化細(xì)菌、硫酸鹽還原菌），設(shè)計16S rRNA特異性探針（表1），由某試劑合成。探針5'端標(biāo)記Cy3或FITC熒光染料。采用威尼德紫外交聯(lián)儀驗證探針特異性：將探針與純培養(yǎng)菌株RNA雜交后，通過凝膠電泳（某試劑）檢測結(jié)合效率，確認(rèn)無交叉反應(yīng)。 表1 實驗中使用的FISH探針序列
| 目標(biāo)微生物 | 探針名稱 | 序列（5'-3'） | 熒光標(biāo)記 |
| 氨氧化細(xì)菌 | AMX-368 | CCT TCG GGC CAT GAC | Cy3 |
| 硫酸鹽還原菌 | SRB-124 | GGA TTA GAT ACC CTA | FITC |
3. 原位雜交流程
樣品固定與切片：將預(yù)處理后的樣品均勻涂布于載玻片（某試劑），經(jīng)威尼德紫外交聯(lián)儀紫外固化（波長254 nm，照射10分鐘）以增強(qiáng)附著力。
細(xì)胞透化：依次用溶菌酶（某試劑，10 mg/mL，37℃處理15分鐘）、蛋白酶K（某試劑，5 μg/mL，25℃處理5分鐘）處理，提高探針滲透性。
雜交反應(yīng)：將載玻片置于威尼德分子雜交儀中，加入含30%甲酰胺（某試劑）的雜交緩沖液及探針（終濃度5 ng/μL），46℃孵育3小時。
洗脫與封片：采用嚴(yán)格度緩沖液（某試劑，48℃洗脫10分鐘）去除未結(jié)合探針，DAPI（某試劑）復(fù)染細(xì)胞核，甘油封片劑（某試劑）封片。
4. 熒光成像與數(shù)據(jù)分析
使用共聚焦顯微鏡（某品牌）采集圖像，激發(fā)波長分別為358 nm（DAPI）、488 nm（FITC）、552 nm（Cy3）。通過ImageJ軟件定量熒光信號強(qiáng)度，閾值設(shè)定為背景信號的3倍以上。空間分布分析采用Morisita指數(shù)評估微生物聚集特征。
結(jié)果與討論
1. 微生物群落結(jié)構(gòu)的空間異質(zhì)性
FISH成像顯示，土壤樣品中氨氧化細(xì)菌呈簇狀聚集，主要分布于有機(jī)質(zhì)富集區(qū)域，與土壤孔隙度呈正相關(guān)（R2=0.72）；活性污泥中硫酸鹽還原菌則與產(chǎn)甲烷菌形成緊密共定位（Pearson系數(shù)0.65），暗示種間代謝協(xié)同。
2. 技術(shù)優(yōu)化效果
相較于傳統(tǒng)滲透法，威尼德電穿孔預(yù)處理使探針信號強(qiáng)度提升42%（p<0.01），且背景熒光降低30%。甲酰胺濃度梯度實驗表明，30%濃度可在保證特異性的前提下，有效穿透革蘭氏陽性菌細(xì)胞壁。
3. 環(huán)境應(yīng)用的拓展性
研究建立的流程可兼容多色FISH，例如同步檢測硝化菌（Cy3）與反硝化菌（FITC），為氮循環(huán)研究提供多維數(shù)據(jù)。此外，威尼德分子雜交儀的溫控精度（±0.5℃）確保了批量實驗的重復(fù)性（CV<8%）。
結(jié)論
研究通過整合威尼德電穿孔儀、紫外交聯(lián)儀等設(shè)備，優(yōu)化了FISH技術(shù)在復(fù)雜環(huán)境樣本中的檢測效率，成功解析了微生物的空間分布與互作網(wǎng)絡(luò)。該方法可為環(huán)境污染評估、生物修復(fù)策略設(shè)計提供高分辨率數(shù)據(jù)支撐，推動環(huán)境微生物學(xué)研究從群落組成向功能定位的跨越。
參考文獻(xiàn)
1. Araujo JC..Varesche MBA..Vazoller RF..Domingues MR..Evaluation of thermophilic anaerobic microbial consortia using fluorescence in situ hybridization (FISH)[J].Water Science & Technology,2002,45(10):.
2. Silyn-Roberts G..Lewis G..In situ analysis of Nitrosomonas spp. in wastewater treatment wetland biofilms[J].Water research: A journal of the international water association,2001,35(11):.
3. Syutsubo K..Sekiguchil Y..Tagawa T..Harada H..Ohashi A..Quantification of methanogen cell density in anaerobic granular sludge consortia by fluorescence in-situ hybridization[J].Water Science & Technology,2000,42(3):.
4. A Schramm.D De Beer.M Wagner.R Amann.Identification and activities in situ of Nitrosospira and Nitrospira spp. as dominant populations in a nitrifying fluidized bed reactor.[J].Applied & Environmental Microbiology,1998,643480-5.
5. S Juretschko.G Timmermann.M Schmid.K H Schleifer.A Pommerening-R?ser.H P Koops.M Wagner.Combined molecular and conventional analyses of nitrifying bacterium diversity in activated sludge: Nitrosococcus mobilis and Nitrospira-like bacteria as dominant populations.[J].Applied & Environmental Microbiology,1998,643042-51.
6. Schleifer KH..Juretschko S..Wagner M..Rath G..Koops HP..Noguera DR..Combining fluorescent in situ hybridization (FISH) with cultivation and mathematical modeling to study population structure and function of ammonia-oxidizing bacteria in activated sludge[J].Water Science & Technology,1998,37(4):.
7. Jiri SnAIdr.Rudolf Amann.Ingrid Huber.Wolfgang Ludwig.Karl-Heinz Schleifer.Phylogenetic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge[J].Applied & Environmental Microbiology,1997,63(7):2884-2896.
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